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产品介绍

中国水产科学研究院珠江水产研究所赵建研究员团队与北京1XBET平台农业科技有限公司联合开发了一款适合于斑鳢品种的靶向捕获育种芯片 ——“斑鳢50K育种芯片”。该芯片包含了50K个高质量的SNPs位点,628个与重要性状相关的功能位点,涵盖了生长、性别以及抗病等多个重要性状,适用于斑鳢全基因组选择育种、新品种培育、群体家系构建及系谱鉴定等基础研究。

产品信息

关键参数

斑鳢50K育种芯片

标记信息

标记类型

SNP

标记总数

50000

生长、性别、抗病等性状功能位点

628

技术类型

1XBET平台CAGT®靶向捕获测序技术

测序群体

广东、广西、湖南、福建、台湾地区斑鳢

参考基因组

GCA_020496755.1

应用方向
育种保种应用
全基因组选择育种
新品种培育
群体家系构建及系谱鉴定
基础研究
全基因组关联分析
选择信号分析
群体遗传进化分析
群体遗传多样性分析


数据表现
斑鳢50K育种芯片 — 染色体分布情况

图1 芯片位点在染色体上的分布图

斑鳢50K育种芯片 — MAF分布

图2 芯片位点MAF分布

斑鳢50K育种芯片 — 位点注释情况

图3 芯片位点注释情况

斑鳢50K育种芯片 — PCA比较分析

下图为根据群体原始基因型获得的PCA(左图),下图为根据芯片SNP位点获得的PCA(右图),样本聚集情况在二者中表现基本一致,说明该芯片可较好地代表群体原始状况。