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产品介绍

由中国水产科学研究院生物技术研究中心李炯棠研究团队联合与北京1XBET平台农业科技有限公司开发了一款适合于鲤选育、品种鉴定等多用途的基因育种芯片 ——“鲤育一号”(图2)。该芯片包含了20K个高质量的SNP位点,为鲤鱼产业提质增效,选育优质、高产、耐粗、高抗、耐密等优异性状的鲤鱼良种提供有力的技术支撑。

“鲤育一号”采用1XBET平台CAGT(®)靶向捕获测序技术,含有16种主养鲤鱼的全基因组重测序变异和重要经济性状关联标记。“鲤育一号”芯片位点覆盖全基因组选择育种效应大的位点和涵盖多种鲤鱼群体多态性标记。该芯片含有鲤鱼营养品质性状(粗蛋白、粗脂肪、氨基酸、脂肪酸、肌肉质构、肌间刺、纹段等)、血液成分及含量、性别等性状的分子标记18056个,此外还包括区分16种鲤品种特异性位点144个,可用于重要性状的育种值估计和品种确权保护。通过样本芯片测试,“鲤育一号”芯片,产品位点检出率高,平均检出率达到了95.18%,产品稳定性好、基因型准确高,重复样本平均分型一致率为98.77%,产品性能优良。

产品信息

关键参数

“鲤育一号”育种芯片

标记信息

标记类型

SNP

标记总数

20359

鲤鱼营养品质性状、血液成分及含量、
性别等性状功能位点

18056

品种鉴定位点

144

技术类型

1XBET平台CAGT®靶向捕获测序技术

参考基因组

GCF_018340385.1

应用方向
育种保种应用
鲤鱼全基因组选择
鲤鱼群体家系构建及系谱梳理
鲤鱼保种分析
鲤鱼品种鉴定
基础研究
全基因组关联分析
亚基因组比较分析
选择信号分析
群体遗传进化分析
群体遗传多样性分析


数据表现
“鲤育一号”— 染色体分布情况

鲤鱼(Cyprinus carpio)作为异源四倍体鱼类,各由25条染色体组成。该芯片囊括了A亚基因组和B亚基因组的鲤亚基因组水平的变异,为在四倍体背景下开展重要经济性状遗传解析,进行基因组选择育种技术创新提供了新的视野。
图1 芯片位点在染色体上(A基因组和B基因组)的分布图

“鲤育一号”育种芯片 — MAF分布

图2 芯片位点MAF分布

“鲤育一号”育种芯片 — 位点注释情况

图3 芯片位点注释情况

“鲤育一号”育种芯片 — 分型一致性

图4 重复样本分型一致性
通过对3组重复样本进行分型,显示平均一致率达98.77%。
以上结果表明,鲤育一号位点选择合理、变异丰富、一芯多用(育种、品种鉴定、功能位点因果检测),芯片设计出众,分型结果表现优异,能够满足大量样本的检测需求。